Sekce báňské správy zabezpečuje komplexně výkon odborných agend v působnosti ČBÚ, agendy právní a legislativní, ekonomické a finanční (rozpočetnictví, účetnictví, správa majetku), veřejných zakázek, spisové služby a informačních technologií. V oblasti správy úhrad plní úkoly nadřízeného správce daně. Plní úkoly SBS v oblasti územní politiky a územního rozvoje a metodicky řídí činnost OBÚ jako jiných stavebních úřadů.