Interní auditor přezkoumává a vyhodnocuje nezávisle a objektivně operace a vnitřní kontrolní systém SBS. Zjišťuje, zda zavedený vnitřní kontrolní systém je dostatečně účinný, zda vytváří podmínky pro hospodárný, efektivní a účelný výkon SBS a je způsobilý včas identifikovat a minimalizovat možná ekonomická, právní a provozní rizika. V rámci SBS zajišťuje metodickou a konzultační činnost.  
Interní auditor je v rámci SBS zároveň pověřencem pro ochranu osobních údajů dle GDPR. V této oblasti zejména poskytuje informace a poradenství, monitoruje výkon činností a vede záznamy o činnostech zpracování SBS.